Seine Beiträge zu drei Disziplinen botanischer Forschung – Physiologie, Systematik und Pflanzengeographie – fallen in die Zeit des Übergangs von der Naturgeschichte der Aufklärung zur Biologie des 19. Jahrhunderts. Die wesentlichen epistemologischen Positionen und heuristischen Verfahren der Humboldt’schen Lebenswissenschaften haben ihre Wurzeln im Naturbild des 18. Jahrhunderts. Erkenntnisleitend blieb für Humboldt zeitlebens die Idee einer inneren Verbundenheit der Organismen und Naturkräfte. Sein erster Lehrer der Botanik, <persName xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" ref="https://edition-humboldt.de/H0006403 http://d-nb.info/gnd/117387436">Karl Ludwig Willdenow</persName>, beschrieb diesen Gedanken durch die Metapher des Netzes: