Daneben notierte er weitere ihn interessierende Naturphänomene. Fliegende Fische wurden von <persName xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" ref="https://edition-humboldt.de/H0003476 http://d-nb.info/gnd/118661604">Bonpland</persName> anatomiert und eine auffallend große Schwimmblase festgestellt, die, so vermutete Humboldt, das Fliegen ermöglichen würde. Dazu kamen Beobachtungen zur Himmelsbläue, zur Kraft des Sonnenlichts, magnetische Messungen, Temperatur und spezifisches Gewicht des Meerwassers. Erstmals wurde am 27. Juni 1799 der nach Süden fallende Schatten (Bl. 20r) bemerkt, und etwas später, am 4. Juli 1799, das Kreuz des Südens gesichtet.