Wir müssen also bei der Behandlung von Humboldts Beitrag zur Biogeographie genauer differenzieren, worum es ihm selbst letztlich ging und was allgemein heute darunter verstanden wird. Nur so lässt sich der Hintergrund seiner Geographie von Organismen verstehen, dem hier für die Tiere noch nachzugehen sein wird. Es gilt also einerseits zu unterscheiden zwischen dem Beitrag der systematischen Botanik im klassischen Sinne, einer lediglich floristischen Beschreibung des Aussehens, Vorkommens und der Verbreitung einzelner Pflanzen oder Arten im Sinne der Taxonomie, Systematik und Morphologie. Dem gegenüber steht andererseits die später als ökologisch bezeichnete Betrachtung ganzer Artengemeinschaften und Vegetationsformen in Abhängigkeit physikalischer Variablen, oder wie wir heute sagen: von Umwelt-Parametern.