Die Forschungsinteressen von Nils Reiter liegen generell in der Anwendung computerlinguistischer Methoden auf Fragen aus den Geistes- und Sozialwissenschaften. Insbesondere die Operationalisierung literarischer Forschungsfragen und die adäquate Interpretation von Ergebnissen ist dabei ein Schwerpunkt, neben der regelgeleiteten Annotation und damit zusammenhängenden Fragen.