Die derzeit größten Schwierigkeiten bereitet die Sicherstellung der Langzeitarchivierung. EbnerOnline ist das Ergebnis eines Projektes, das 2014 ausgelaufen ist. Die Frage, die sich seitdem stellt, ist, wie die Seite erreichbar bleiben kann, wenn die am Projekt Beteiligten nicht mehr oder nur zum Teil die Betreuung übernehmen können. Eine ausbleibende Integration der Seite in die IT-Infrastruktur der Universität Salzburg würde über kurz oder lang dazu führen, dass EbnerOnline vom Netz verschwindet und die eingesetzten Mittel verpuffen.