Der Workflow des Tools "OCR-Textkorpus-Aligner" ist in Abbildung-1 veranschaulicht. Vor dem "Sequence Alignment" werden die Zeilen durch Entfernen der Diakritika normalisiert, um die Chance zu erhöhen, zu den OCR-Zeilen jeweils passende Entsprechungen im Vergleichstext zu finden. Durch eine Ähnlichkeitsmessung der Textanfänge wird zunächst das Vergleichsdokument mit der höchsten Entsprechung vorausgewählt. Anschließend wird jede zu transkribierende Zeile (im folgende "OCR-Zeile" genannt) in N-Gramme aus fünf Zeichen segmentiert und diese im Vergleichstext (im folgenden Ground-Truth bzw. GT-Zeile genannt) gesucht. Aus lokalen Clustern von Treffern bei der N-Gramm-Suche werden Kandidaten generiert, die hinsichtlich der Anzahl der gefundenen N-Gramme und einer Ähnlichkeitsmessung bewertet werden. Aus dieser Einschätzung ergibt sich der jeweils beste Kandidat. Der globale (über die volle Länge der Zeilen alignierende) Needleman-Wunsch-Algorithmus (Needleman und Wunsch 1970) richtet die OCR-Zeile und den besten GT-Kandidaten so aufeinander aus, dass möglichst viele Zeichen übereinstimmen. Fehlende Zeichen (z. B. ein Komma) in der OCR-Zeile im Vergleich zur GT-Zeile werden durch Trennstriche (-) aufgefüllt, die Lücken markieren. Dabei wird die Länge der OCR-Zeile an die Länge der GT-Zeile angepasst. Die Ergebnisse des Alignments dienen anschließend als Input für das Korrektur-Tool.