Das „Sequence Alignment“, eine musterbasierte Suche von ähnlichen Zeichenketten in großen Sequenzen, wird als wesentlicher Bestandteil der Bioinformatik hauptsächlich dazu verwendet, um ähnliche DNA-, RNA- und Proteinstränge zu finden, die auf strukturelle, funktionelle oder evolutionäre Beziehungen hindeuten können. Dementsprechend fokussieren sich die meisten bereits existierenden Alignment-Programme wie „Lalign“ <ref xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" target="https://embnet.vital-it.ch/software/LALIGN_form.html">(https://embnet.vital-it.ch/software/LALIGN_form.html)</ref> oder „BLAST“ (Altschul et al. 1997) auf die naturwissenschaftliche Anwendung, wobei sich durch die geringe Anzahl an Nukleotid-Buchstaben kaum Möglichkeiten zur Nutzung bei Textkorpora bieten. Eine Anwendung von BLAST für Textkorpora wird z. B. in (Vesanto et al. 2017) vorgestellt. Angepasste Versionen dieser Tools wie Passim (Smith et al. 2014) aus dem Leipziger "Open Philology Project", sind primär auf das Matching von längeren ähnlichen Textpassagen ausgerichtet, sodass häufig einzelne, insbesondere kurze Zeilen nicht gefunden werden können. Die Software verwendet als zentrale Komponente ein Framework namens „jAligner“ (Ahmed 2018), welches die am weitesten verbreiteten Sequence-Alignment-Algorithmen implementiert und dabei den zur Verfügung stehenden Zeichenvorrat nicht einschränkt.