Wenn diese Hierarchie jedoch auch in die Speicherung Eingang finden würde, wären Probleme vorprogrammiert. Die Annotationen werden daher linear gespeichert, um eine größtmögliche datenstrukturelle Flexibilität zu ermöglichen. Dies ist insbesondere dann nötig, wenn das Annotationssystem iterativ zum Forschungsprozess erweiterbar sein soll, wie es im SFB DiÖ der Fall ist.