Bei der Adaption können während der Modellierung wichtige Eigenschaften nicht berücksichtigt werden oder bleiben nur als Kommentar erhalten, was eine weitere maschinelle Bearbeitung erschwert. Bezüglich der Datenkodierung ergibt sich das Problem der Ineffizienz. So wurden morphologische Tagsets primär für die indo-europäische Sprachfamilie entwickelt. Für eine tiefe linguistische Annotation müssen aber diese Standards beispielweise für einige semitische Sprachen angepasst werden.