Generell ist die Nutzung eines Versionskontrollsystems Best-practice für die Datensicherung und der μEditor unterstützt direkt die Nutzung von Git als Versionskontrollsystem. Änderungen an Dateien werden automatisch als Änderungen im Versionskontrollsystem gespeichert. Dadurch können diese Änderungen auch jederzeit wieder rückgängig gemacht werden. Zusätzlich unterstützt der μEditor das Arbeiten mit Zweigen im Versionskontrollsystem und die Integration mit Onlineservices wie GitHub und GitLab.