Besonders in geisteswissenschaftlichen Projekten variieren die Anforderungen an Annotationswerkzeuge für digitale Inhalten sehr stark. Das betrifft nicht nur Fragen der grundlegenden Benutzerinteraktion und Usability, sondern vor allem die fachlichen und technischen Aspekte: zum Beispiel die Einbindung projektspezifischer Taxonomien und Eingabe-Schemata; die Anpassung von User Interface-Elementen an bestehende Arbeitsabläufe oder Kuratierungspraktiken; die Integration in bestimmte existierende Systeme wie ein spezifisches Sammlungs- oder Content-Management-System; oder die Anbindung an verschiedene Datenbank-Backends. Diese Heterogenität, und die oft sehr spezifischen Probleme geisteswissenschaftlicher Projekte führen in vielen Fällen dazu, dass überlegt wird, maßgeschneiderte Annotationswerkzeuge von Grund auf selbst zu entwickeln - was allerdings wiederum zeit- und ressourcenintensiv ist.