In einem zweiten Schritt wird das Clustering der Dokumentenkollektion auf Basis der latenten Repräsentationen berechnet. Hierzu verwenden wir das Agglomerative Hierarchische Clustering. Das Verfahren berechnet einen Cluster-Baum, an dessen Blättern die einzelnen Dokumente liegen; durch sukzessive Vereinigung der zwei ähnlichsten Cluster entsteht ein Baum. Dieser erlaubt uns beliebige Anzahlen von Gruppen zu identifizieren, indem der Baum auf einer festgelegten Höhe abgeschnitten wird. Soll die Clusteranzahl verändert werden, müssen die latenten Repräsentationen der Dokumente nicht neu berechnet werden, es muss lediglich der vollständige Baum anders abgeschnitten werden. Dazu gibt es verschiedene Möglichkeiten: Einzelne Cluster können in ihre zwei Untercluster aufgespalten werden oder andersrum wiedervereinigt werden oder es kann eine andere feste Gesamtanzahl angegeben werden. So kann interaktiv und dynamisch ein Clustering der Dokumente erarbeitet werden; jede Änderung der Cluster-Hierarchie ist in wenigen Sekunden berechnet.