Letztendlich kann konstatiert werden, dass die Rekonstruktion von Überlieferungsprozessen immer auf Vorannahmen beruht, egal welches Verfahren angewendet wird. Im Rahmen der traditionellen Stemmatologie führen Annahmen über die Bedingungen des Überlieferungsprozesses oder die Gestalt des Archetypus zu mitunter deutlichen Abweichungen in Stemmata, die ohne eine begleitende Erläuterung nicht zu eruieren sind. Automatisierte Verfahren basierend auf dem Alignment von Sequenzen können hierzu eine fruchtbare Ergänzung darstellen. Bei diesen stellt die Wahl des Substitutionsmodells einen wesentlichen Einflussfaktor dar. Indem allerdings gezielt Analyseparameter in Substitutionsregeln überführt werden, kann deren Einfluss überprüfbar gemacht werden. Wenn so konkurrierende Modelle an identischen Daten verglichen werden, wird deren Einfluss auf die Rekonstruktion von Beziehungen zwischen Textzeugen überprüfbar. (vgl. Plaksin 2019). Die Methode, das Verhalten eines Substitutionsmodells anhand des Vergleichs von echten und künstlich erzeugten Daten sichtbar zu machen, dient hierbei als Evaluationsverfahren und stellt damit einen wesentlichen Bestandteil in der Modellentwicklung dar.