Weiterhin wurde das Shakespeare-Korpus in jeweils überlappende 9-Gramme (<hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">shingling</hi>), also jeweils Gruppen von neun Wörtern zerlegt. Für jedes einzelne 9-Gramm wurde dann im Dr. Who-Korpus mithilfe des im TextReuse-Package implementierten Smith-Waterman-Algorithmus das optimale <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">local alignment</hi>, also der beste Treffer ermittelt. Dabei ist erwähnenswert, dass für jedes einzelne Shakespeare-9-Gramm immer ein optimales <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">alignment</hi> im Dr. Who-Vergleichskorpus berechnet wird, auch wenn dieses ggf. nur aus einem oder zwei gemeinsamen Wörtern besteht. Der Vorgang ist somit einerseits sehr rechenintensiv und liefert andererseits eine große Menge von <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">alignments</hi>, deren ausschließlich manuelle Kontrolle enorm aufwendig wäre. Dabei ist offensichtlich, dass die Verwendung einzelner, noch dazu sehr allgemeiner Wörter (Artikel, Konjunktionen, etc.) längst keinen intertextuellen Bezug darstellt. Wir betrachten deshalb nur solche <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">alignments</hi> näher, die aus mindestens drei oder mehr Wörtern bestehen.