Inhaltlich bedeutsamer scheint aber die mittlerweile ausführlich beschriebene Problematik zu sein, dass sich XML als semi-strukturierte, hierarchisch organisierte Markup-Sprache mit seinen strikten Regeln zur Wohlgeformtheit und Validität von Auszeichnungen nur bedingt dazu eignet, Phänomene zu annontieren, die nicht linear/hierarchisch, sondern mit Überlappungen oder sich überschneidenden Sequenzen strukturiert sind. Ebenso zwingt es die Bearbeitenden, die dokumentenzentrierte und die textzentrierte Perspektive einer zu edierenden Quelle durch zwei unterschiedliche Kodierungsstrategien zu lösen (Brüning/Henzel/Pravida 2013; Pierazzo 2017); gleichzeitig belastet die Verarbeitung von internen wie externen Verweisstrukturen im Dokument (Lesartvarianten, Zitate, Querbezüge) die Kodierung damit, die referentielle Integrität von Links zuverlässig verwalten zu können. Innovative Lösungsansätze werden für dieses Problem unter anderem entlang des Modells von Textvarianten-Graphen beschrieben (Schmidt 2008; Schmidt 2009; Schmidt/Colomb 2008:498) oder unter Verwendung von "Labelled Property Graph“-Systemen wie der Graphendatenbank Neo4J diskutiert (Kuczera 2016a, Kuczera 2016b).