Die Abweichung zwischen den Alignments von realen Sequenzen und Alignments von aus diesen erzeugten randomisierten Sequenzen kann hierdurch quantifiziert und als Grundlage für eine Evaluierung unterschiedlicher Substitutionsmodelle genutzt werden. In dem Fall, in dem durch einen Binnenvergleich ähnlicher Sequenzen diese entsprechend ihrer Differenz in Relation zu setzen sind, kann die Distinktionsfähigkeit von verschiedenen Ähnlichkeits- bzw. Differenzniveaus als zentrale Anforderung an ein Substitutionsmodell formuliert werden.