Die vielfältigen Forschungsinteressen von Jörg Wettlaufer liegen u.a. im Bereich Information Retrieval, Semantic Web Anwendungen in den Geisteswissenschaften und Digitale Geschichtswissenschaft. Er tritt für einen intensiven Dialog zwischen Fachwissenschaften und den Digital Humanities ein und ist seit 2018 zusätzlich im Bereich der Digitalen Lehre in den Geisteswissenschaften tätig.