Wenn man diese Beobachtungen zur Grundlage algorithmischer Auswertungen machen will, kann man die Codierung von Merkmalen auf Antworten zu Ja-Nein-Fragen reduzieren (z.B. “Hat der Knoten der civitates gersonite vier Verbindungen?”). Die Summe der Merkmale ergibt dann rein binäre Code-Sequenzen, die leicht mit den Verfahren der Phylogenetik verarbeitet werden können. Dabei muss klar sein, dass diese Feature-Matrizen sich epistemologisch stark von denen der Biologie unterscheiden (Mishler 2005): während bei uns die “termina” (das sind die Spezies der Biologie und die überlieferten Exemplare der Handschriften) unstrittig sind, sind die Merkmale (die “characters” der Code-Sequenz der Biologie) bei Kulturobjekten in höchstem Maße willkürlich ausgewählt und sogar konstruiert. Hier ist es wichtig, das grundlegende Vorgehen zu verstehen: die Modellierung der Merkmalsbeschreibung ist Teil eines Wechselspiels mit seinen Ergebnissen, die mit kodikologischen, historischen oder kunsthistorischen Betrachtungen abgeglichen werden, die das Stämmediagramm nicht nur nach rein formalen Merkmalen, sondern unter starker Berücksichtigung von Kontextwissen einordnen. Diese Betrachtungen werden von den kunsthistorischen und philologischen Teams des Projektes parallel formuliert und werden Teil der Projektpublikation sein. Führt die Feature-Matrix zu großen Widersprüchen gegenüber anderen Befunden, muss die Aussagekraft der Merkmale nochmals überprüft werden. Führt sie zur Zusammenlegung ansonsten deutlich unterschiedlicher Handschriften, müssen die Merkmale eventuell differenzierter beschrieben werden. Schon die Auswahl an Merkmalen stellt einen wichtigen Beitrag zu der phylogenetischen Forschung dar: Während die Konzepte von “Leitfehlern”, “monogenetischen” vs. “polygenetischen” Varianten relativ etabliert sind, ist es bei der Beschreibung von strukturellen und visuellen Aspekten (wie bei Diagrammen oder Illustrationen) noch nicht klar, was genau eine genealogische Entwicklung signalisiert und als Leitvarianten zu betrachten ist und welche Erscheinungen hingegen das Ergebnis von Polygenese sein könnten. Das schon erwähnte Wechselspiel zwischen Definition von Merkmalen und Ergebnissen ist also ein notwendiger Schritt im Erschließungsprozess. Angesichts des Mangels an Literatur zu stemmatologischen bzw. phylogenetischen Arbeiten in der Analyse der Genese visueller Aspekte in vormodernen Texten, ist unser Ansatz vor allem explorativ. Das phylogenetische Verfahren ist ein quantitativer Ansatz. Zu beobachten ist, dass auch in der bioinformatischen Praxis der Prozess der Auswahl und Gewichtung von Merkmalen für die Identifizierung von Clustern von wesentlicher Bedeutung ist (vgl. De Maio et al. 2021).