Die Entwicklung ist aber noch einen Schritt weitergegangen, denn oftmals reichen die durch Markdown unterstützen Auszeichnungselemente nicht aus. Hierzu zählen beispielsweise das automatische Generieren von Inhalts- und Quellenverzeichnissen, komplexen Bildunterschriften oder dynamische Begriffserläuterungen. Um die hierfür notwendigen komplexen HTML-Strukturen automatisiert zu generieren, wurden neue Auszeichnungselemente eingeführt. Hierdurch können die Markdown Dokumente u. a. mit semantischen Elementen angereichert werden. Beispielsweise wird durch die Auszeichnung: {definition: mainzed} ein HTML-Element erzeugt, das später im HTML-Dokument bei eine Erklärung des Begriffes ‘mainzed’ einblendet sobald sich der Cursor über dem Element befindet. Genauso kann maus aber auch Markdown-Dokumente ausgeben und hierbei die Erweiterungen entfallen lassen. Die Erweiterungen des Markdown sind also Optionen, die die Dokumente nicht korrumpieren.