Transcribo wird in enger Zusammenarbeit von Philologen und Informatikern der Kooperationspartner entwickelt. Die grafische Nutzeroberfläche ist um das digitale Faksimile, also in der Regel den gescannten Überlieferungsträger, zentriert. Beliebig große Einheiten (z.B. Wörter, Zeilen oder Absätze) können mittels eines Rechteck- oder Polygonwerkzeugs markiert, transkribiert und annotiert werden. Dabei wird jede Bilddatei doppelt dargeboten: links liegt das Original zur Ansicht, die rechte Version dient als Arbeitsunterlage, hier wird der transkribierte Text topografisch exakt über das leicht ausgegraute Faksimile gelegt. Wo die räumliche Anordnung nicht der textuellen Wortreihenfolge entspricht, können Wörter in der grafischen Oberfläche zu Sequenzen zusammengefasst und so die semantischen Zusammenhänge im Transkript protokolliert werden. Ein zentrales Merkmal des Programms liegt außerdem in der Möglichkeit, in jeder erfassten Einheit textgenetische und editionsphilologisch relevante Phänomene zu kennzeichnen und mit Annotationen zu versehen. Dabei kommt ein Kontextmenü mit einer projektspezifischen Auswahl zum Einsatz. Diese umfasst bisher unterschiedliche Varianten von Korrekturen (wie etwa Sofortkorrekturen, Spätkorrekturen mit ein-, zwei- oder mehrfacher Durchstreichung und Überschreibung), die Kennzeichnung von Hervorhebungen sowie von unsicheren Lesungen oder nicht identifizierten Graphen. Diese Auswahl ist jedoch beliebig erweiterbar und wird über den gesamten Projektverlauf hinweg an die Erfordernisse der Textgrundlage angepasst.