Im Bereich Funktion wurde der Frage der Verwendung nachgegangen. So wurde ersichtlich, dass unterschiedliche Annotationsmodi (s. Abbildung 1) notwendig sind. In neonion werden daher drei Arten der Annotation unterschieden: die Markierung für Zitate, der Kommentar für Paraphrase und semantische Tags für das semantischen Erschließen von Dokumenten (z. B. basierend auf einer zugrundeliegenden Ontologie). Auch wenn diese drei Arten von Annotationen aus den Interviews entstanden sind, können diese Annotationsmodi je nach Anwendungszweck sehr variabel eingesetzt werden. Ein Einsatz von neonion im Bereich der Linguistik wäre beispielsweise möglich, aber ein praktischer Anwendungsfall fehlt bisher.