Methodisch kann mit dem beschriebenen Verfahren nicht klar zwischen identischen und ähnlichen Bildern unterschieden werden. Strukturelle Ähnlichkeiten wie großflächige gleichartige Muster in den Holzschnitten können zu systematischen Fehl-Erkennungen führen, sind jedoch relativ leicht herauszufiltern. Anders steht es um korrekte Treffer ohne Signifikanz für die Fragestellung, beispielsweise Druckermarken, Initialen oder Schmuckelemente. Diese müssen ggf. manuell bereinigt werden, was allerdings mit einer Benutzeroberfläche zur Darstellung der einzelnen Regionengraphen mit vergleichsweise geringem Aufwand auch für mehrere hundert Graphen durchführbar ist. Herausforderungen stellen auch die Schnittstellen an Beginn und Ende des Workflows dar. In den Onlinebibliographien fehlen häufig noch automatische Exportmöglichkeiten. Auch die Digitalisate sind oft nur manuell zugreifbar, sodass hier ein automatisches Anstoßen des Workflows basierend auf Rechercheergebnissen kaum möglich ist. Die Vielzahl verschiedener Varianten von Digitalisatspräsentationen der verschiedenen Bibliotheken machen einen Rückbezug der Ergebnisse auf die öffentlich verfügbaren Digitalisate mühsam – aber gerade hier eröffnet das Konzept des <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">Web Annotation Data Models</hi> interessante Möglichkeiten.