Bedeutend für den Durchbruch bei der Entzifferung war die Entdeckung des Prinzips der Zeichensubstitution, die auch den großen Variantenreichtum in der Mayaschrift erklärt. Abbildung 3 zeigt drei morphologisch unterschiedliche Graphe des Zeichens /pa/, die lediglich das gemeinsame, diagnostische Merkmal einer schraffierten Fläche aufweisen.