Die seit Jahrhunderten zu den textwissenschaftlichen Kernpraktiken gehörende Annotation (vgl. Moulin 2010) lässt sich in sog. Highlights, Freitextkommentare sowie taxonomiebasierte Annotation und Textauszeichnung aufteilen, wobei die Übergänge häufig fließend sind (vgl. Jacke 2018, § 9). Während CATMA 6 auch die Möglichkeit für Highlights und Freitextkommentare bietet, ist die taxonomiebasierte Annotation das eigentliche Kerngeschäft des Tools – wobei die Taxonomie prinzipiell undogmatisch erstellt werden kann und die Form von sog. Tagsets annimmt, denen für kollaborative Annotationsprojekte wahlweise eine Annotations-Guideline beigegeben werden kann (vgl. auch Bögel et al).