Auch für die Alignierung ergeben sich praktische Probleme bei der Grapherstellung, denn in den Enzyklopädien können die Konzepte unterschiedlich organisiert sein. Dies reicht von Betitelungskonventionen der Einträge (z.B. „Der Adler“ / „Adler,“ oder „William Shakespeare“ / „Shakespeare“ / „Shakespeare, William“) bis hin zu der Möglichkeit, dass es Einträge gibt, die mehrere Konzepte zusammenfassen. In Meyer (1905) werden beispielsweise manche Entitäten thematisch gruppiert. So gibt es zum Beispiel genau zwei Einträge zu <hi xmlns="http://www.tei-c.org/ns/1.0" rend="italic">Alexander</hi>: einer gruppiert Fürsten und der andere griechische Schriftsteller mit dem Vornamen, die auch jeweils nochmal genauer beschrieben werden. In Herder (1854) dagegen gibt es drei Einträge: einen, der den Vornamen ohne Personenzuordnung nennt, einen zu Alexander I. (welcher auch Alexander II. umfasst) und einen zu Alexander III. Hier gilt es also zu klären, inwieweit die Konzepte getrennt werden können. In Meyer sind die Konzepte deutlich durch Paragraphen gekennzeichnet, in Herder werden sie sprachlich vermischt. Zusätzlich können allerdings, selbst wenn die Konzepte isoliert sind, diese auch unterschiedlich ausgelegt werden, auch historisch bedingt.